Всемирный фонд природы обвинили в получении поддержки от иностранных источников. Кроме того, в Минюст России утверждают, что под видом деятельности по защите природы и окружающей среды и биологического разнообразия видов, представители фонда пытались оказывать влияние на решения органов исполнительной и законодательной власти России, препятствовали реализации промышленных и инфраструктурных проектов.
Фонд якобы распространял негативную информацию о принимаемых государственными органами РФ решениях и проводимой ими политике.
Экологические организации России давно оказались под прицелом российских властей. За последнее время "иноагентами" были объявлены «Беллона», «Серебряная тайга», «Кольский экологический центр», «Экологическая вахта Сахалина». Не так давно "иноагентом" стало движение «42» из Республики Коми, которое занималось экопросвещением.